两步纯化是一种特殊的多柱色谱溶液。采用两种独立的方法，每一种方法都有相应的特定色谱柱，实现了目标分子的无人工干扰纯化。这里的原则是将蛋白质样本应用于第一列。在蛋白洗脱过程中，检测到蛋白峰，触发在存储环或存储容器/容器中收集洗脱蛋白。然后将蛋白自动应用于第二列，以进一步提高纯化蛋白的质量或纯度。