正确地存储列是节省列寿命的重要要求。

硅基正相色谱柱应与庚烷或其他惰性溶剂一起储存。

反相色谱柱最好储存在有机化合物(乙腈，甲醇)和水的混合物中，其中水的含量不能高于50%。当使用缓冲流动相时，必须用纯溶剂冲洗硅基柱，以避免缓冲盐的沉淀。

使用后，所有的色谱柱必须被堵塞，以避免固定相干燥。18°C-26°C的环境温度对于典型的硅柱是方便的。

像Eurokat这样的聚合物柱必须保持低温(4°C)，因为它们是无有机溶剂操作的。此外，还可在流动相中添加改性剂(< 10%)以抑制细菌生长。