为防止柱堵塞，样品和洗脱液在使用前应使用孔径为2µm的过滤器进行过滤。此外，流动相的相容性也是一个重要因素。标准RP相在pH值2-8范围内稳定。在某些条件下(有缓冲液存在)，固定相甚至在pH值12之前都是化学稳定的。当使用缓冲流动相时，必须用纯溶剂冲洗硅基柱，以避免缓冲盐的沉淀。作为预防，KNAUER提供了一种通用UHPLC柱前过滤器，孔径为0.5µm。