有四个主要的影响，必须考虑：洗脱液，样品，pH值和温度。为防止柱堵塞，使用前对样品和洗脱液进行过滤是合理的。此外，流动相的相容性是一个重要因素。标准RP相在pH值2-8范围内稳定。在一定条件下（存在缓冲液），固定相在pH值12之前甚至化学稳定。使用缓冲流动相时，必须用纯溶剂冲洗硅基柱，以避免缓冲盐沉淀。使用后，所有色谱柱必须堵塞，以避免固定相干燥。在高温下连续运行也会降低性能。硅基色谱柱的建议温度限值应为60°C。