在通过HPLC系统泵送新制备的流动相之前，应彻底脱气以去除所有溶解气体。离线脱气可通过以下方式进行：

• 充满氦气的
• 超声波处理
• 真空过滤

此外，现代高效液相色谱泵有一个在线脱气集成模块。如果流动相未脱气或脱气不完全，则系统中可能形成气泡，从而导致诸如系统不稳定或虚假基线峰值等问题。