主要的区别是用过的颗粒填充到柱内的尺寸。UHPLC常用粒径≤2µm的方法。经典的高效液相色谱分析中，粒径为3 ~ 5 μ m的粒子是常用的。
此外，柱的内径是变化的。KNAUER UHPLC柱内径为2毫米。色谱柱内径为3毫米- 4毫米，6毫米为HPLC分析柱。